Eu não acredito que a mentira do Joel seja um tema ainda. Eu acho que no fundo, a Ellie sabia que ele estava mentindo só pelo olhar do Joel. Ela sabia que ele estava mentindo e sabia porque. Porque ele ama ela. Preferiu deixar assim, o dito pelo não dito.
É essa sutileza de demonstrar a humanidade dos personagens através do que não foi dito que torna o final tão foda. Pelo menos, eu sempre interpretei assim.
Quanto ao 2, eu acho que Joel morto e Ellie alucinando é simplesmente muito banal. Não acredito.
Existe uma diferença de tempo considerável em o 1 e o 2. Um mundo de coisas podem ter acontecido nesse meio tempo e, dentre elas, alguma coisa que poderia provocar essa reação na Ellie. De repente, depois do final do 1, eles foram viver em algum lugar, criaram laços e tudo mais. Aí os Vagalumes vieram atrás dela e mataram todo mundo.