Quando for fazer SLi/X-fire, principalmente se você estiver começando seu sistema do zero, é preferível utilizar mobos com dois slots PCI-express 16x/16x geração 3.0, ou 16x/8x ou 8x/8x pelo menos. Se possível não compre placas com PCI da gen 2 ou gen 1.
Mas entenda o seguinte, a perda de "frames em potencial" depende demaaaaaaaaais da placa de vídeo, do CPU e do jogo em questão, okay?! Esse é o tipo de preocupação de um usuário que possuir um sistema TOP, estou falando de GTX 970, 980, 780 em SLI, X-fire de R9 290x, 280x e acima; Além de estar rodando com um i5 ou i7 de ponta, principalmente se ele estiver fazendo overclock acima de 4Ghz. Qualquer coisa abaixo disso não há a necessidade de preocupação com o PCI da sua mobo. Uma pessoa com GTX 960 em sli e um i5 de início, sem qualquer overclock, não precisa esquentar a cabeça, sendo gen 3, ou ao menos gen 2, já basta.
Supondo que seu CPU não esteja fazendo gargalo no seu SLI/X-fire, no geral, placas como uma GTX 970 e 980 em SLI percebem ganhos de 7-14% num upgrade de mobo gen 1 para gen 2, e 3-5% de gen 2 para gen 3. Já a quantidade de linhas no slot é preferível que você utilize slots que sejam 16x/16x, 16x/8x ou 8x/8x. Outras configurações como 16x/4x ou 4x/4x costumam aumentar a falta de sincronia entre as placas, causando mais "micro-pausas" (como expliquei acima), além de artefatos na tela e outras bizarrices visuais. Se não me engano a Nvidia nem suporta mais SLI em mobos com PCI 16x/4x justamente pelos problemas em potencial causados por tal configuração. Em termos de ganhos em fps, este é mínimo, passar de uma mobo 8x/8x para uma 16x/16x vai te dar 1-3fps a mais, ou talvez até zero.
Entretanto, novas tecnologias como a HBM (sucessora da GDDR5) prometem mudar muita coisa nessa equação, já que AMD e NVIDIA querem criar uma integração bem maior entre GPUs e CPUs do que existiu no passado e isso se traduz em mais informação passando pelos slots PCIs. É esperar para ver.
É sim Suspiria, a Hero é uma excelente placa. Em aspectos técnicos ela possui slots PCI-express Gen 3 de linhas 8x/8x o que é mais do que o suficiente para rodar até duas Titans em SLi se você quiser. Pode ser que daqui a 2 ou 3 anos, dependendo da velocidade de avanço das novas placas de vídeo com HBM, você comece a limitar o desempenho de SLIs futuros que você venha a fazer. Mas se você sempre tiver apenas uma placa não há a necessidade de se preocupar com limitação de desempenho por causa da sua placa-mãe. Troque apenas quando quiser ou se ela queimar. Eu mesmo possuo uma asus com PCI-Express gen 1 então estou bem atrás de você..rs. Tenho ela a 5 anos, rodando um i7 de primeira geração também, e eles ainda atendem a minha necessidade por mais 1 ou 2 anos se eu quiser. Em contrapartida minha placa de vídeo é uma moderna gtx 970 com overclock para rodar como se fosse uma gtx 980. Estou limitando minha VGA com minha placa mãe? Estou, tenho plena consciência disso, mas nada disso me impede de jogar Witcher 3 no Ultra em 60fps. E daí se eu poderia estar ganhando mais 7fps? 60 é o suficiente já que minha TV não exibe mais do que isso.
Existe um ponto onde praticidade deve encontrar com gasto quando o assunto é informática. Se você sempre quiser manter um sistema absolutamente top deve fazer upgrades anuais constantes pois tudo em computação evolui muito rápido, e chega num ponto que fica inviável acompanhar. Junta-se isso ao fato de que 80~85% do que você vê na tela está diretamente ligado à VGA que você possui, e não à sua mobo, ou memórias ou CPU. É essa a verdade. Quer dar um up no visual dos seus jogos? Esquece CPU e memória e invista numa boa placa de vídeo, ponto final. Tirando meu SSD e minha placa de vídeo todo o restante do meu PC foi adquirido a 5 anos atrás e ele está firme e forte, prontinho para receber uma futura placa com HBM ano que vem. Ele vai continuar limitando essa minha futura placa? Vai, mas eu também vou continuar rodando os novos jogos a 60fps ou mais, então por enquanto, não há necessidade de pensar em um upgrade completo, apenas uma placa de vídeo resolve