A ideia foi de criar uma instalação segura onde as espécies seriam armazenadas. A bibliotecária (Librarian) se não me engano foi a ou uma das responsáveis em gerenciar esse arquivo.
O plano não era apenas eliminar a vida que satisfazia o flood, mas criar um banco de todas as espécies presentes no espaço conhecido; depois que os Halos fossem ativados e varressem tudo, uns robozinhos iam levar as espécies armazenadas no "cofre" (seguro da emissão de energia dos Halos) de volta aos seus planetas de origem e tentar recomeçar novamente. É um lance meio Arca de Noé.
Quanto a origem do Flood, originalmente era uma espécie "gente boa". Tinham outro nome (que não me lembro agora), e um dia entraram em contato com os ancestrais dos Forerunners. Num primeiro momento, foi tudo de boas. Até que os ancestrais resolveram sacanear (não lembro bem qual foi a sacanagem, mas foi mega sacana com a espécie) e isso criou uma onda de amargura e rancor que mudou radicalmente a espécie, tornando-os depois de um tempo no que conhecemos como Flood. A mudança foi total, inclusive física. E o Flood passou a ter um propósito exterminador desde então.
Aqui:
Perto do fim da guerra Precursor-Forerunner (também conhecida como rebelião massiva onde Forerunners assassinaram friamente seus criadores por estes lhe rejeitarem o direito de herdar o manto), poucos Precursores restavam. Alguns foram poupados pelos Forerunners e outros simplesmente fugiram mas sabe-se que todos se dirigiram para Path Kethona, que fica além dos limites da galáxia. Lá, muito dos Precursores transmutaram-se para um pó cujo objetivo era evitar a extinção Precursora, fazendo com que renascessem após algum tempo. Porém, através das eras, tal pó ficou tão corrompido e defeituoso que ao invés de renascer os Precursores exatamente como eram, trouxe apenas uma doença extremamente destrutiva que afetava todas as formas de vida que entravam em contato com este pó. Tal doença provocava mutações e mudanças em seu comportamento em uma velocidade incrivelmente rápida.
Os Precursores restantes, impulsionados pela loucura de terem sido vitimas da traição de suas criações , viram um grande potencial e uma chance de se vingar contra os Forerunners. Utilizariam esta doença nascida acidentalmente, como seu instrumento, fazendo com que todas as formas de vida conhecerem apenas a dor e o sofrimento, garantindo assim que nenhuma de suas criações jamais se levantaria contra eles novamente.
Nascia assim o Flood, não se tratando de uma criação Precursora propriamente dita, mas sim de um acidente gerado a partir de pó fino e ressecado que foi criado pelos Precursores e seu objetivo inicial era evitar a sua extinção Muitas pessoas acreditam que o Flood e os Precursores são a mesma coisa, porém o Flood é na verdade uma variação dos genes Precursores. Não são Precursores mas descendem dos mesmos, podendo ser considerado uma outra forma Precursora.
Fonte:
https://haloprojectbrasil.com.br/2014/07/04/o-flood/
Recomendo para quem se interessar pelo universo halo, acompanhar a Halo Project Brasil, tanto no site quanto no canal do YouTube. Outro canal legal daqui é a Central Halo Brasil. Ambos tem bons vídeos relatando muito da Lore da franquia.
Os livros da trilogia Forerunner estão em português e são bem legais, apesar de densos em alguns momentos.